因间隔区是基因组上与蛋白质和结构RNA的表达无关的那部分DNAo人的基因组中有超过60%的部分由基因间序列组成，这其中绝大多数的功能未知。基因间隔区DNA分为两类：单一的和重复的。大约1/4的基因间隔区DNA是单一的，导致单一基因间DNA序列增加的原因之一是指导和调控转录的DNA序列的增加，也称为调控序列(regulatory sequence)。随着生物体复杂度的提高，编码更多的基因，调控基因表达的调控序列也变得更加复杂，其序列大小也不断增加。人类基因组基因间DNA的单一区段包含了许多显而易见的已丧失功能的残留区段，如无功能的突变基因、基因碎段和假基因。突变基因和基因碎段是由于简单的随机突变或在DNA重组过程中的错误所造成。假基因则是因反转录酶(reverse transcriptase)的作用而形成。这种酶可将RNA复制为双链DNA(称为拷贝DNA，copy DNA或cDNA)，通常只在某些特定类型的病毒中表达，参与病毒的繁殖。但是，当细胞被这类病毒感染。
  最后，尽管我们对真核细胞单一基因间区域的功能还不清楚，但可以确定的是它在真核细胞中是有功能的，如最新发现的微RNA (miRNA)。这些结构性小RNA通过改变mRNA的稳定性或者mRNA的翻译能力来调节其他基因的表达由于这些序列在最近才被发现，所以还没有包括在。然而，在人类细胞中据估计有400多个miRNA。多数单一性基因间区的另一功能还可能与复制的起始相关。尽管在多数真核生物中还没有被证明。